Las rocas que vemos actualmente en las paredes del Cañón del Sumidero se comenzaron a formar hace unos 136 millones de años a base de sedimentos y minerales de calcio (calizas), el cual es formado por la acción de algunos animales marinos como los corales, esto supone que, en la antigüedad esta región de Chiapas estaba sumergida por un mar poco profundo.
El Cañón del Sumidero como tal comenzó a formarse hace 70 millones de años debido a la acción de de movimientos tectónicos llamados Horts-Graben porque sus características de movimiento de masa de tierras, son llamadas pilar tectónico y fosa tectónica, respectivamente.
Hace 15 millones de años las aguas marinas se retiraron de esta región por movimientos geológicos que formaron las montañas mas importantes de Chiapas, entre ellas, las montañas del Cañón del Sumidero, las cuales comenzaron a sufrir la disolución y erosión por el agua. aquí nació el Cañón cuya formación continua.